凝胶干燥时遇到的主要问题是凝胶的变形和破裂。将凝胶放在Whatman 3MM滤纸上可防止干燥凝胶变形，但凝胶是否破裂取决于凝胶的厚度和干燥器的质量，因此，应尽量使用薄胶并使凝胶干燥器处于良好状态，使其真空压力波动极少。

(1)试剂与配制：固定液：冰醋酸:甲醇:水(10:20:70)

(2)电泳后的凝胶用5～10倍体积固定液在室温下固定，酸性固定液扩散后可使凝胶中的溴酚蓝变黄。蓝色全部消失后，继续固定5min。为防止凝胶破裂，在进行步骤(2)之前可将凝胶浸泡于含20%甲醇、30%甘油的溶液中过夜。

(3)将凝胶标记好方向后放在保鲜膜或玻璃纸上面，上面放一张比凝胶四周长出1～2cm的Whatman 3MM滤纸。

(4)另将一张滤纸放在凝胶干燥器上。将Whatman 3MM滤纸/凝胶/保鲜膜或玻璃纸，放在凝胶干燥器上的滤纸上面，保鲜膜或玻璃纸在最上面。

(5)放下凝胶干燥器的盖子，抽真空使凝胶四周封闭以干燥凝胶，干燥时间常由厂家提供，一般0.75mm厚凝胶干燥2h，如50～65℃可加快干燥进程。释放真空。如加热状态下干燥，则先停止加热并自然冷却10min后再释放真空。