1、湿热灭菌法：湿热灭菌法最常用的生物指示剂为嗜热脂肪芽孢杆菌孢子，如NCTC10007、NCIMB8157、ATCC7953。D值为1.5—3.0min，每片（或每瓶）活孢子数5*10（5）—5*10（6）个，在121℃、19min下应被完全杀灭。此外，还可使用生孢梭菌孢子如NCTC8594、NCIMB8053、ATCC7955，D值为0.4—0.8min。 
2、干热灭菌法：干热灭菌法最常用的生物指示剂为枯草芽孢杆菌孢子，如NCIMB8058、ATCC9372。D值大于1.5min，每片活孢子数5*10（5）—5*10（6）个。去热原验证时使用大肠杆菌内毒素，加量不小于1000细菌内毒素单位。 
3、辐射灭菌法：辐射灭菌法最常用 的生物指示剂为短小芽孢杆菌孢子，如NCTC10327、NCIM10692、ATCC27142。每片活孢子数10（5）—*10（6），置于放射剂量25kGy条件下，D值约3kGy。但应注意灭菌产品中所负载的微生物可能比短小芽孢杆菌孢子显示更强的抗辐射力。因此短小芽孢杆菌孢子可用于监控灭菌过程，但不能用于灭菌辐射剂量的建立。 
4、气体灭菌法;环氧乙烷灭菌最常用的生物指示剂为枯草芽孢杆菌孢子，如NCTC10073、ATCC9372。气态过氧化氢灭菌最常用的生物指示剂为嗜热脂肪芽孢杆菌孢子，如NCTC10007、NCIM8157、ATCC7953。每片活孢子数1*10（5）—5*10（6）个。环氧乙烷灭菌中，枯草芽孢杆菌孢子D值大于2.5min，在环氧乙烷浓度为600mg/l，相对湿度为60%，温度为54℃下灭菌， 
60min应被杀灭。 
5、过滤除茵法：过滤除菌法最常用的生物指示剂为缺陷假单胞菌(如ATCC19146），用于滤膜孔径为0.22um的滤器；黏质沙雷菌（ATCC14756），用于滤膜孔径为0.45um的滤器。